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首页> 外文OA文献 >Use of 3' untranslated sequences of human cDNAs for rapid chromosome assignment and conversion to STSs: implications for an expression map of the genome.
【2h】

Use of 3' untranslated sequences of human cDNAs for rapid chromosome assignment and conversion to STSs: implications for an expression map of the genome.

机译：人类cDNA的3'非翻译序列用于快速染色体分配和转化为STS的用途：对基因组表达图的影响。

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摘要

A general mapping strategy is described in which the 3'untranslated regions of human cDNAs are used to design PCR primers which will selectively amplify human genomic sequences in a rodent background. When applied to panels of human x hamster somatic cell hybrid DNAs, this approach provides a PCR-based method for rapidly assigning genes to specific chromosomes and chromosomal regions. In addition, it follows from the virtual absence of introns in the 3'untranslated region of vertebrate genes that within this region the cDNA sequences almost always will be identical to those of the genomic DNA and can therefore be used to automatically generate gene-specific sequence-tagged sites (STSs). We have applied this strategy to six human cDNAs and demonstrate that 1) the primers selectively amplify human genomic DNA and 2) the PCR product is of the size predicted from the cDNA. To test this approach further we have utilized it to confirm the known chromosomal location of the retinoblastoma gene. Lastly, we describe how this strategy can readily be applied to unknown human cDNAs, and thereby be integrated into efforts to generate a human STS expression map of the genome. A strategy for production of such a map, using human brain cDNAs as a model, is described.
机译：描述了一般的作图策略，其中人cDNA的3'非翻译区用于设计PCR引物，其将在啮齿动物背景中选择性地扩增人基因组序列。当应用于人类x仓鼠体细胞杂交DNA的面板时，此方法提供了一种基于PCR的方法，可将基因快速分配给特定的染色体和染色体区域。另外，由于脊椎动物基因的3'非翻译区几乎没有内含子，因此在该区域内，cDNA序列几乎总是与基因组DNA相同，因此可用于自动产生基因特异性序列标记的网站（STS）。我们已将此策略应用于六个人cDNA，并证明1）引物选择性扩增人基因组DNA，2）PCR产物具有从cDNA预测的大小。为了进一步测试该方法，我们已经利用它来确认视网膜母细胞瘤基因的已知染色体位置。最后，我们描述了如何将该策略轻松地应用于未知的人类cDNA，从而整合到生成基因组的人类STS表达图的努力中。描述了使用人脑cDNA作为模型产生这种图谱的策略。

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